Indirekte bzw. mittelbare Diskriminierungen sind nicht so offensichtlich wie eine unmittelbare Diskriminierung, denn es geht nicht um intentionales Handeln, sondern um scheinbar neutrale Strukturen oder Vorschriften, die aber bei genauerem Hinsehen bestimmte Personen ungleich behandeln. Mittelbare Diskriminierung entsteht nach § 3 Abs. 2 des Allgemeinen Gleichbehandlungsgesetzes (AGG), „wenn dem Anschein nach neutrale Vorschriften, Kriterien oder Verfahren Personen gegenüber anderen Personen in besonderer Weise benachteiligen (im Sinne des § 1 AGG), es sei denn, die betreffenden Vorschriften, Kriterien oder Verfahren sind durch ein rechtmäßiges Ziel sachlich gerechtfertigt.“ Um eine indirekte Diskriminierung zu ermitteln, muss eine Ungleichbehandlung vorliegen, die nicht sachlich gerechtfertigt ist.

Zum Beispiel ist es für viele Amtshandlungen nötig, seine Identität durch ein offizielles Dokument auszuweisen. Die Ausweispapiere vieler trans* Personen zeigen nicht das richtige Geschlecht an. Sie müssen sich in dem Moment ungewollt outen, sodass trans* Personen bei Amtshandlungen öfter mit unangenehmer und übergriffiger Neugier oder sogar einschüchternden Situationen konfrontiert sein können.

Ein anderes Beispiel sind geschlechtergetrennte Toiletten. Durch die gesellschaftlich dominante Heteronormativität erscheinen Toiletten, die nach zwei Geschlechtern getrennt sind, wie eine neutrale Regelung. Dies lässt außer Acht, dass nicht alle Menschen sich in einem der zwei Geschlechter verorten oder sie von Mitmenschen als inkongruent zum spezifischen Geschlecht markiert werden und ihnen der Zutritt zu den Toiletten verwehrt werden. Diskriminierende Erfahrungen von trans* Personen, im Kontext von Sanitäreinrichtungen, können ebenfalls in verbaler und/oder körperlicher Gewalt münden.

Dadurch sind trans* Personen im Alltag benachteiligt, denn sie können Sanitäranlagen nicht uneingeschränkt nutzen wie cis Personen.

Scheinbar neutrale Regelungen, welche jedoch Personengruppen benachteiligen, werden in juristischen Entscheidungen nicht immer Diskriminierung anerkannt. Dies zeigt das Beispiel eines trans Mannes, welcher als Polizeianwärter, Az.: 9 E 5697/06 aufgrund seiner medikamentösen Hormonversorgung, abgelehnt wurde und dies vom Verwaltungsgericht Frankfurt nicht als Diskriminierung aufgrund des Geschlechts eingeschätzt wurde. Die als Begründungen dieser Entscheidung angeführten scheinbar neutralen Polizeivorschriften benachteiligen den Kläger allerdings im Vergleich zu nicht trans* Personen deutlich.