§ 9 AGG bezieht sich spezifisch auf konfessionelle Arbeitgeber_innen. Hier bezieht sich Abs. 1 auf das Selbstbestimmungsrecht der Kirchen und die Anforderungen, die sie an zukünftige Mitarbeiter_innen stellen dürfen. Abs. 2 gestattet den Kirchen und ihren nachgeordneten Organisationen als Arbeitgeberinnen, von ihren Beschäftigten ein loyales und aufrichtiges Verhalten zu verlangen.

Grundlage für § 9 stellt die Europäische Richtlinie 2000/78 dar, die eine Ungleichbehandlung im Beschäftigungsbereich auch aufgrund der Religion im Grundsatz verbietet, aber eine eng formulierte Ausnahme zulässt. § 9 AGG war im Jahr 2007 unter anderem Gegenstand eines Vertragsverletzungsverfahrens zur Umsetzung dieser EU-Richtlinie zwischen der Europäischen Kommission und der BRD.

Zur Stärkung des Gleichbehandlungsgrundsatzes auch im Bereich der konfessionellen Arbeitgeber_innen hat das BUG einen Vorschlag zur Novellierung des § 9 AGG angeregt.